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当前位置:教育论文中心首页--博士论文--优质蛋白玉米的全基因组关联分析及比较基因组学分析
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优质蛋白玉米的全基因组关联分析及比较基因组学分析
 
     论文目录
 
摘要第10-12页
Abstract第12-13页
第一章 文献综述第14-35页
    1.1 优质蛋白玉米(QPM)第14-16页
    1.2 优质蛋白玉米修饰因子的研究进展第16-20页
        1.2.1 27-kDa γ-zein是优质蛋白玉米形成的重要组份第16-17页
        1.2.2 淀粉的生物合成第17-18页
        1.2.3 淀粉的生物合成和结构与优质蛋白玉米形成的关系第18-20页
    1.3 第三代测序技术在植物基因学上的应用第20-33页
        1.3.1 Sanger测序:植物基因组学研究的里程碑第21页
        1.3.2 下一代测序技术助力植物基因组学快速发展第21-24页
        1.3.3 长读长测序开辟了解决复杂植物基因组的新时代第24-26页
        1.3.4 PacBio测序的应用进展第26-28页
        1.3.5 PacBio测序指南第28-30页
        1.3.6 超长Scaffold搭建技术提升组装第30-32页
        1.3.7 基于长读长的基因组注释第32页
        1.3.8 展望第32-33页
    1.4 研究内容,目的和意义第33-35页
第二章 直链淀粉及27-kDa γ-zein的全基因组关联分析第35-58页
    2.1 材料与方法第35-38页
        2.1.1 植物材料第35页
        2.1.2 27-kDa γ-zein和直链淀粉含量的评估第35-36页
        2.1.3 全基因组关联分析和单核苷酸多态性位点(SNP)的注释第36-37页
        2.1.4 功能注释和候选基因的富集分析第37页
        2.1.5 RNAseq分析第37-38页
    2.2 结果与分析第38-54页
        2.2.1 27-kDa γ-zein的表型及与硬质的相关性分析第38-39页
        2.2.2 直链淀粉的表型及与硬质的相关性分析第39-42页
        2.2.3 关联分析群体的连锁不平衡分析第42-43页
        2.2.4 27-kDa γ-zein表型的关联分析第43-46页
        2.2.5 直链淀粉表型的关联分析第46-50页
        2.2.6 CM105~+,CM105o2和CM105mo2的RNAseq差异表达分析筛选候选o2修饰因子第50-54页
    2.3 结论与讨论第54-58页
第三章 Waxy1基因内分子标记的开发第58-73页
    3.1 材料和方法第59-64页
        3.1.1 植物材料第59-60页
        3.1.2 玉米籽粒表观直链淀粉含量(AAC)测定第60页
        3.1.3 DNA提取和纯化第60-61页
        3.1.4 RNA提取和纯化第61页
        3.1.5 cDNA合成第61页
        3.1.6 PCR引物设计和反应体系及条件第61-62页
        3.1.7 关联分析第62页
        3.1.8 基于KASP技术SNP引物的设计第62-64页
    3.2 结果与分析第64-71页
        3.2.1 基于全基因组关联分析技术挖掘低直链淀粉玉米材料分子标记第64-65页
        3.2.2 基于候选基因的关联分析技术开发基因内选择标记第65-67页
        3.2.3 基于Waxy1基因的indel标记的开发及验证第67-70页
        3.2.4 基于KASP技术的Waxy1基因SNP标记的开发及验证第70-71页
    3.3 结论与讨论第71-73页
第四章 优质蛋白玉米K0326y的基因组组学分析第73-86页
    4.1 材料与方法第73-76页
        4.1.1 研究材料第73页
        4.1.2 玉米高质量DNA的抽提第73页
        4.1.3 QPM K0326y的基因组组装第73-75页
        4.1.4 QPM K0326y的全长cDNA文库构建第75-76页
        4.1.5 QPM与K0326y的比较基因组学分析第76页
    4.2 结果与分析第76-84页
        4.2.1 高质量DNA样品的获取及文库构建第76-77页
        4.2.2 优质蛋白玉米基因组PacBio测序subreads的质量第77-79页
        4.2.3 优质蛋白玉米基因组二代测序的质量第79页
        4.2.4 全长转录本RNA样品准备和质量监控第79-80页
        4.2.5 第一轮全长cDNA的测序预实验总结第80页
        4.2.6 K0326y玉米基因组的从头组装和scaffold的搭建第80-82页
        4.2.7 K0326y与B73的比较基因组学分析第82-84页
    4.3 结论与讨论第84-86页
第五章 全文结论第86-88页
参考文献第88-95页
附录第95-105页
    附件1.RNAseq的差异表达分析R脚本第95-105页
致谢第105-106页
攻读博士学位期间发表的学术论文第106-107页

 
 
论文编号BS4032407,这篇论文共107
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